Clarke lahir di London dan dibesarkan di Berkshire. Ayahnya adalah seorang Sound Engineer teater. Minat Clarke dalam berperan mulai muncul pada usia tiga tahun setelah ia menonton pertunjukan musikal Show Boat, tempat ayahnya bekerja saat itu. Ia menuntaskan pendidikannya di Sekolah Rye St Antonius dan Sekolah St Edward di Oxford. Dia kemudian masuk Sekolah seni drama di London, dan lulus pada tahun 2009.

Clarke memulai kariernya dengan berperan dalam seri BBC Doktors, dan ikut berperan dalam film tv AS Triassic Attack.
Sejak 2011, Clarke memerankan Daenerys Targaryen dalam seri luar biasa dan sukses besar dari Game of thrones oleh HBO berdasarkan seri novel a Song of ice and fire, yang ditulis oleh George R. R. Martin. Untuk perannya dalam seri ini ia dinominasikan tiga kali di Penghargaan Emmy Primetime untuk aktris pendukung Terbaik dalam Serial drama.
Di tahun 2013, ia memulai debutnya di Broadway memerankan Holly Golightly dalam tahap adaptasi klasik Truman Capote dalam tahun 1958 Breakfast at Tiffany.
Kariernya pun melesat bak meteor, saat Clarke membintangi film di layar lebar bersama Jude Law dan Demián Bichir, dalam film Dom Hemingway yang dirilis oleh Fox Searchlight Pictures pada 4 April 2014.
Tahun demi tahun ia torehkan dengan prestasi yang gemilang. Pada 2015 Clarke bersama Arnold Schwarzenegger berperan sebagai Sarah Connor dalam film Terminator Genesis. Namun saat ditawari peran sebagai Anastasia Steele dalam film Fifty shades of Grey ia menolaknya karena disana banyak adegan telanjang yang harus diperankan dalam skenarionya. Pada tahun yang sama, dia juga dinobatkan oleh majalah Esquire sebagai “Perempuan hidup yang paling sexy.”
Pada tahun 2016, ia memerankan Louisa “Lou” Clark di film Yo antes de ti berdasarkan buku dengan judul yang sama yang ditulis oleh Jojo Moyes. Pada bulan November di tahun yang sama, ia tampil dalam spin-off Star Wars Han Solo di Film bersama aktor Alden Ehrenreich dan Donald Glover.
Emilia Clarke akan memerankan karakter bernama Kira yang merupakan pengurus dari museum aneh yang menampilkan barang-barang atau makhluk taksiderminasi. Belum ada bayangan pasti bagaimana ia masuk dalam kisah film ini mengingat Lucasfilm seperti biasa menutup rapat detail plot film mereka. Namun jika Clarke baru menyelesaikan syuting Han Solo saat ini, kemungkinan besar dia adalah salah satu pemain utama yang memiliki jumlah adegan yang besar.
Dalam akun twitter Ron Howard mengatakan “Emilia Clarke telah membungkus syuting film Han Solo. Dia memberi kita karakter yang sangat kuat dan mengasyikkan!”
Saat ini, ia sedang melakukan pengambilan gambar film Above Suspicion dalam peran sebagai Susan Smith, yang akan dirilis pada 2017.
Dengan proses yang semakin mendekati pasca produksi, tentunya para penggemar yang sudah tidak sabar melihat bagaimana film ini berjalan, mungkin akan segera melihat aksi mereka dalam trailer perdana yang dirilis dalam beberapa bulan kedepan.